Auslöser für die ersten Naturschutzbemühungen war die Faszination, die das Neusiedler See - Gebiet mit seiner Artenvielfalt auf WissenschaftlerInnen und Studierende ausübte. Die Nähe zur Universitätsstadt Wien ließ hier ein beliebtes «Freiland-Labor» für ForscherInnen entstehen. Die ersten Anpachtungen durch den Österreichischen Naturschutzbund (ÖNB) erfolgten bereits Mitte der 1930er Jahre. Mit Stiftungsgeldern und Spenden gelang es 1954, in einem dafür adaptierten Bootshaus die Biologische Station am Schilfgürtel bei Neusiedl am See zu eröffnen. Sechs Jahre später übernahm das Land Burgenland diese Station, die allerdings 1960 abbrannte. 1971 wurde eine neue Biologische Station am Schilfgürtel bei Illmitz eröffnet, die 2015 durch einen Neubau an gleicher Stelle ersetzt worden ist. Die Station ist heute eine Außenstelle der Naturschutzabteilung beim Amt der Burgenländischen Landesregierung und als solche für alle Landesteile tätig. Mit dem Gebiet eng verbunden ist auch die Geburtsstunde des WWF Österreich. 1963 engagierten sich besorgte NaturschützerInnen in Apetlon für die Erhaltung der letzten großen Hutweide, was schließlich zur Anpachtung der betreffenden Flächen durch den WWF führte. Etwa zur selben Zeit trat das erste Nachkriegs-Naturschutzgesetz in Kraft, dessen Verordnungen unter anderem auch das Landschaftsschutzgebiet Neusiedler See festlegten. Es dauerte aber bis 1978, als auf dem vom ÖNB durchgeführten Naturschutztag unter dem Motto «Nationalpark Neusiedler See - Modell zwischenstaatlicher Zusammenarbeit» in Mattersburg wieder mehr Bewegung in die Bemühungen kam. Mit dem sogenannten Mattersburger Manifest wurde damals nicht nur auf den zunehmenden Nutzungsdruck durch Siedlungen, Landwirtschaft und Tourismus reagiert, sondern erstmals auch die Notwendigkeit einer grenzüberschreitenden Nationalparkplanung festgehalten. Wie stark der Wunsch nach einer Nationalpark-Lösung bereits in der Bevölkerung verankert war, bewies eine Befragung von Urlaubsgästen im Seewinkel im Sommer 1979: 92 % aller Befragten nannten die Natur als den wesentlichen Grund für ihr Kommen. 1988 beauftragte schließlich die Burgenländische Landesregierung einen Arbeitsausschuss mit konkreten Vorbereitungsarbeiten für einen Nationalpark. Die Regierungen in Österreich und Ungarn bekundeten damals offiziell den Wunsch nach einem grenzüberschreitenden Nationalpark. Das Ergebnis davon: 1992 wurde das Nationalparkgesetz beschlossen und der Nationalpark Neusiedler See - Seewinkel wird 1993 endlich zur Realität.